基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)院的前身是1954年9月14日成立的北京醫(yī)學(xué)院基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)部(簡稱基礎(chǔ)部)。1960年2月改稱基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)系。1985年5月成立北京醫(yī)科大學(xué)后，正式更名為基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)院。2000年4月北京大學(xué)與北京醫(yī)科大學(xué)合并后，更名為北京大學(xué)基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)院至今。

北京大學(xué)基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)院現(xiàn)設(shè)12個(gè)系、1個(gè)教研室、2個(gè)研究所及1個(gè)醫(yī)學(xué)實(shí)驗(yàn)教學(xué)中心。擁有“基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)”、“生物學(xué)”和“中西醫(yī)結(jié)合”3個(gè)博士學(xué)位授權(quán)的一級(jí)學(xué)科(涵蓋15個(gè)二級(jí)學(xué)科)、擁有“藥理學(xué)”二級(jí)學(xué)科、7個(gè)國家重點(diǎn)二級(jí)學(xué)科、1個(gè)北京市重點(diǎn)一級(jí)學(xué)科、2個(gè)博士后流動(dòng)站、6個(gè)省(部)級(jí)重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室，以及一批具備國際先進(jìn)水平的科研基地和實(shí)驗(yàn)技術(shù)平臺(tái)。

學(xué)院以師資力量雄厚、治學(xué)嚴(yán)謹(jǐn)著稱，擁有一批國內(nèi)外著名的專家學(xué)者。學(xué)院現(xiàn)有教職工389人，其中教授67人、副教授91人;具有博士學(xué)位者206人。學(xué)院擁有大批優(yōu)秀人才，其中中國科學(xué)院院士4人;工程院院士1人;“長江計(jì)劃特聘教授”7人;國家杰出青年基金獲得者8人;獲得“國務(wù)院政府特殊津貼”14人;獲“國家人事部有突出貢獻(xiàn)的中青年專家”稱號(hào)4人;獲“衛(wèi)生部有突出貢獻(xiàn)的中青年專家”稱號(hào)5人;教育部跨世紀(jì)優(yōu)秀人才2人;教育部新世紀(jì)優(yōu)秀人才16人;獲國家自然科學(xué)基金“優(yōu)秀青年科學(xué)基金”資助8人;博士生導(dǎo)師72人。

學(xué)院現(xiàn)有本科生1350人，學(xué)院招收基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)和醫(yī)學(xué)實(shí)驗(yàn)技術(shù)兩個(gè)專業(yè)的本科學(xué)生，并管理臨床醫(yī)學(xué)、口腔醫(yī)學(xué)、醫(yī)學(xué)檢驗(yàn)技術(shù)、口腔醫(yī)學(xué)技術(shù)四個(gè)專業(yè)的學(xué)生的基礎(chǔ)學(xué)習(xí)階段。基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)專業(yè)為八年制本博連讀(Ph.D)學(xué)制，旨在培養(yǎng)德智體全面發(fā)展的基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)各學(xué)科師資和高層次科學(xué)研究人才。醫(yī)學(xué)實(shí)驗(yàn)學(xué)專業(yè)為四年制本科，培養(yǎng)具有生物醫(yī)學(xué)基礎(chǔ)理論知識(shí)和熟練掌握醫(yī)學(xué)基本實(shí)驗(yàn)技能、具有從事高級(jí)醫(yī)學(xué)實(shí)驗(yàn)技術(shù)工作基礎(chǔ)的醫(yī)學(xué)實(shí)驗(yàn)技術(shù)應(yīng)用型人才。在讀研究生677人，其中博士生415人，碩士生262人。近年來有6篇博士生論文被評(píng)為全國優(yōu)秀博士生論文。學(xué)院培養(yǎng)的學(xué)生以學(xué)風(fēng)嚴(yán)謹(jǐn)、實(shí)踐綜合能力強(qiáng)、開拓創(chuàng)新、潛力大等優(yōu)點(diǎn)受到國內(nèi)外教育和科研部門的贊譽(yù)。許多畢業(yè)生已成為國內(nèi)外生物醫(yī)學(xué)學(xué)科的學(xué)術(shù)帶頭人或?qū)W術(shù)骨干。

在教學(xué)方面，基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)院承擔(dān)醫(yī)學(xué)部基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)、臨床醫(yī)學(xué)、口腔醫(yī)學(xué)、預(yù)防醫(yī)學(xué)、藥學(xué)、護(hù)理學(xué)、醫(yī)學(xué)英語、醫(yī)學(xué)實(shí)驗(yàn)學(xué)、醫(yī)學(xué)檢驗(yàn)學(xué)等專業(yè)的基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)課程教學(xué)。每年完成3000余名學(xué)生的30余門必修課、20余門選修課的多軌道、多層次教學(xué)任務(wù)。學(xué)院現(xiàn)有國家級(jí)精品課程9門，北京市級(jí)精品課程10門;7門國家級(jí)精品資源共享課;2005年和2009年共有兩項(xiàng)教學(xué)成果獲國家級(jí)教學(xué)成果二等獎(jiǎng)和北京市一等獎(jiǎng)，2012年有一項(xiàng)教學(xué)成果獲北京市教學(xué)成果一等獎(jiǎng);2010年學(xué)院被評(píng)為”北京市模范集體;2006年和2008年生物醫(yī)學(xué)實(shí)驗(yàn)教學(xué)中心分別被評(píng)為“北京市高等學(xué)校實(shí)驗(yàn)教學(xué)示范中心”和“國家級(jí)高等學(xué)校實(shí)驗(yàn)教學(xué)示范中心”;2007年、2008年和2010年病理學(xué)、免疫學(xué)及人體解剖學(xué)分別被評(píng)為“教育部雙語教學(xué)示范課程”;2007年和2010年“生理學(xué)科創(chuàng)新人才培養(yǎng)教學(xué)團(tuán)隊(duì)”被評(píng)為北京市優(yōu)秀教學(xué)團(tuán)隊(duì)及國家級(jí)教學(xué)團(tuán)隊(duì)，2009年“生物化學(xué)與分子生物學(xué)學(xué)科創(chuàng)新人才培養(yǎng)教學(xué)團(tuán)隊(duì)”被評(píng)為北京市級(jí)優(yōu)秀教學(xué)團(tuán)隊(duì)及國家級(jí)教學(xué)團(tuán)隊(duì); 2008年“基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)”專業(yè)被評(píng)為北京市特色專業(yè);2013年北京大學(xué)生物創(chuàng)新實(shí)踐基地被評(píng)為北京高等學(xué)校示范性校內(nèi)創(chuàng)新實(shí)踐基地建設(shè)單位，6人獲北京市教學(xué)名師獎(jiǎng);2011年1人獲寶鋼教育基金會(huì)優(yōu)秀教師特等獎(jiǎng);2012年1人獲“北京市師德先進(jìn)個(gè)人”榮譽(yù)稱號(hào)。

在科研方面，學(xué)院主要從事生物醫(yī)學(xué)領(lǐng)域的基礎(chǔ)及應(yīng)用基礎(chǔ)研究，擁有雄厚的科學(xué)研究綜合實(shí)力。2012-2016年獲得部委和北京市科技成果獎(jiǎng)7項(xiàng)，其中尚永豐院士等“乳腺癌發(fā)生發(fā)展的表觀遺傳機(jī)制”獲2016年度國家自然科學(xué)獎(jiǎng)二等獎(jiǎng)。獲得國家及國際發(fā)明專利37項(xiàng), 自主研發(fā)的I類新藥“新型特異性腫瘤顯像劑”等多項(xiàng)專利實(shí)現(xiàn)技術(shù)轉(zhuǎn)讓或產(chǎn)業(yè)化開發(fā)。2012-2016年以第一作者或通訊作者單位發(fā)表的SCI論文1141篇，包括《Cell》、《Cancer Cell》、《Cell Stem Cell》、《Nature Immunology》、《Cell Metabolism》、《Molecular Cell》等權(quán)威期刊。2012年-2016年獲批各類科技項(xiàng)目476項(xiàng)，獲科研經(jīng)費(fèi)42749萬元。其中，獲批國家自然科學(xué)基金項(xiàng)目270項(xiàng)，資助經(jīng)費(fèi)合計(jì)25557萬元;獲得國家973計(jì)劃、重點(diǎn)研發(fā)計(jì)劃、科技支撐計(jì)劃、“科技重大專項(xiàng)”課題31項(xiàng)，批準(zhǔn)資助經(jīng)費(fèi)8737萬元。2013年，朱衛(wèi)國教授負(fù)責(zé)的蛋白質(zhì)翻譯后修飾與腫瘤發(fā)生發(fā)展及轉(zhuǎn)移的分子機(jī)制研究團(tuán)隊(duì),獲批國家自然科學(xué)基金創(chuàng)新研究群體;鄧宏魁教授負(fù)責(zé)的干細(xì)胞與再生生物學(xué)研究團(tuán)隊(duì)入選教育部創(chuàng)新團(tuán)隊(duì)，2015年獲批國家自然科學(xué)基金創(chuàng)新研究群體。

學(xué)院近年來逐漸加強(qiáng)生物技術(shù)和醫(yī)藥產(chǎn)品的研究開發(fā)及與國內(nèi)外大型醫(yī)藥企業(yè)的合作，在科技開發(fā)工作中也取得一些重大進(jìn)展。在基因工程藥物、腫瘤的免疫治療、腫瘤顯像劑、干細(xì)胞轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)、電針鎮(zhèn)痛與戒毒、診斷試劑研制等領(lǐng)域，一批新開發(fā)項(xiàng)目已取得動(dòng)物實(shí)驗(yàn)或臨床試用的良好效果，具有很好的應(yīng)用前景。

學(xué)院還十分重視國際間的交流與合作，注重借鑒世界先進(jìn)的醫(yī)學(xué)研究成果和教學(xué)經(jīng)驗(yàn)，不斷提高自身整體辦學(xué)水平。已與幾十所世界一流醫(yī)學(xué)院校和科研機(jī)構(gòu)開展了項(xiàng)目合作研究、人員交流、合作舉辦國際會(huì)議等多種形式的合作交流，建立了廣泛的深層次聯(lián)系。

歷經(jīng)60余年的發(fā)展歷程，現(xiàn)在的北京大學(xué)基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)院已成為國內(nèi)著名的、以發(fā)展多層次基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)教育、研究人類生命科學(xué)和防治疾病的基礎(chǔ)理論為主要目標(biāo)的教學(xué)科研中心之一，是國家基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)領(lǐng)域高級(jí)專門人才的培訓(xùn)基地之一。